A Beija-Flor nasceu em clima de festa. Foi no dia 25 de dezembro de 1948, em pleno Natal, quando um grupo de sambistas de Nilópolis, na Baixada Fluminense, se organizou para formar um bloco carnavalesco que, mais tarde, se tornaria uma das mais conhecidas escolas de samba do Rio de Janeiro.
A estréia entre as grandes foi em 1954. Mas a Beija-Flor não conseguiu se manter na elite por muito tempo e, durante anos, sofreu com o rebaixamento. A entrada definitiva no Grupo Especial daquele tempo aconteceu em meados da década de 70, quando a escola levou para a Avenida desfiles "chapa branca", que enalteciam projetos governamentais criados durante o regime militar, como o PIS e o PASEP.
O ano de 1976 marca uma espécie de "antes e depois" da Beija-Flor. A escola, que patinava entre posições intermediárias, deu uma virada na sua história com a chegada do carnavalesco Joãosinho Trinta e do diretor de harmonia Laíla, recém-vitoriosos pelo Salgueiro. Eles desenvolveram na azul-e-branco o enredo "Sonhar com rei dá leão", sobre o jogo do bicho - um tema original para a época. A escola não poupou luxo e originalidade e, de cara, arrebatou seu primeiro título. Foi a zebra do carnaval daquele ano, desbancando o "quarteto fantástico" da época, formado por Portela, Império, Mangueira e Salgueiro.
Era o início de uma verdadeira revolução estética no carnaval. Acompanhando o público, que saía do chão para assistir aos desfiles nas arquibancadas cada vez mais altas, Joãosinho Trinta criou alegorias maiores, verticalizadas, que marcaram um novo estilo de fazer carnaval. Foi assim que a Beija-Flor conquistou outros dois títulos consecutivos: em 1977, com "Vovó e o rei da Saturnália na corte egipciana", e 1978, com "A criação do mundo na tradição nagô", um de seus mais belos sambas.
Na década de 80, a Beija-Flor protagonizou momentos únicos. Em 1986, por exemplo, os componentes da escola entraram na Marquês de Sapucaí com água nos joelhos, por causa de uma forte chuva que caiu bem na hora do desfile da azul-e-branca. O mau tempo, no entanto, não impediu a escola de ser vice-campeã. Em 1989, Joãosinho Trinta fez história com aquela que é considerada a mais impactante alegoria que já passou pela Avenida: o Cristo Mendigo de "Ratos e urubus, larguem a minha fantasia", a antítese do luxo característico (e, por muitas vezes, criticado) de seus desfiles.
A potência que vinha de Nilópolis se confirmou nos anos seguintes. Da década de 90 em diante, a "Deusa da passarela", como ficou conhecida a Beija-Flor, esteve sempre presente entre as cinco primeiras posições, exceto em 1992, quando Joãosinho assinou seu último carnaval em Nilópolis. Passaram por lá Maria Augusta Rodrigues e Milton Cunha, que, mesmo com estilos diferentes, preservaram uma das principais características da escola: a grandiosidade.
Em 1998, a Beija-Flor ousou ao criar uma comissão de carnaval, comandada por Laíla. Todas as tarefas, antes centralizadas na figura de um carnavalesco, passaram a ser distribuídas entre profissionais, que cuidam da elaboração do enredo até a montagem dos carros alegóricos. A fórmula deu certo: a escola, naquele ano, dividiu o título com a Mangueira e, desde então, aposta no ditado de que "a união faz a força". Com a equipe à frente dos trabalhos, a Beija-Flor foi vice por três anos consecutivos (de 1999 a 2001) e campeã por mais três vezes (de 2003 a 2005).
Em 2007, com a chegada do carnavalesco Alexandre Louzada (campeão pela Vila Isabel em 2006) para integrar a comissão de carnaval ajudou a escola a conquistar seu décimo título no carnaval carioca, com o enredo “Áfricas: do berço real à corte brasiliana”.